Jurusan Farmasi merupakan salah satu dari delapan jurusan yang berada di bawah naungan Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Makassar. Sejarah terbentuknya Jurusan Farmasi Politeknik Kesehatan Makassar diawali dengan berdirinya Sekolah Asisten Apoteker ( SAA ) pada tanggal 1 September 1955 dengan pimpinan sementara Drs. Ie Keng Heng. Lokasi SAA pada saat itu beralamat di jalan Cendrawasih Lr. 323 ( Sekarang Baji Gau No. 10 ). Karena pimpinan sementara cuti keluar negeri maka pejabat sementara ditunjuk Ny. W.A.E Saerang Bagy yang kemudian ditunjuk sebagai Kepala Sekolah. Pada tanggal 1 Pebruari 1959 Pimpinan Sekolah dipercayakan kepada Taufik hal ini disebabkan karena kesibukan Ny. W.A.E Saerang Bagy yang juga merangkap sebagai Kepala Depot Farmasi. Kepemimpinan Taufik berlangsung hingga beliau pernsiun. Pada tahun 1975 nama Sekolah Asisten Apoteker ( SAA ) diganti menjadi Sekolah Menengah Farmasi ( SMF ).

Adalah dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Kesehatn RI Nomor : HK.0.006.1.1.1677 tanggal 27 Mei 1997 tentang Pembentukan Akademi Farmasi Depkes Ujung Pandang Untuk Menyelenggarakan Program Diploma III Farmasi Pada Provinsi Sulawesi Selatan  dan dipimpin seorang direktur (belum definitif) a.n. Drs. H . Muhammad Arief (Pengganti Pimpinan sebelumnya,Taufik) yang merangkap menjadi Kepala Sekolah Menengah Farmasi Depkes RI Ujungpandang.

Program Diploma III Farmasi Makassar merupakan Peningkatan jenjang pendidikan menengah menjadi pendidikan tinggi (Konversi) dengan menggunakan fasilitas Sekolah Menengah Farmasi Depkes RI Makassar yang beralamat di Jalan Baji Gau Nomor 10 Makassar.

Kepemimpinan Akademi Farmasi (peralihan ke Jurusan Farmasi Politeknik Kesehatan Makassar) berganti sesuai tuntutan aturan. Selanjutnya pada tahun 2001 bersama-sama dengan Akademi/Diploma III lain di lingkungan Departemen Kesehatan seperti : (Akademi Keperawatan; Akper Tidung dan Banta-bantaeng; Kesehatan Lingkungan; Fisioterapi; Gizi; Gigi; Kebidanan; dan Farmasi) bergabung menjadi satu dengan nama Institusi Politeknik Kesehatan Depkes Makassar. Hal ini ditetapkan dengan Surat Keputusan Bersama Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial RI Nomor : 298/Menkes & Kessos/SK/IV/2001, Tanggal 16 April Tahun 2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Kesehatan.

Jurusan Farmasi Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Makassar sekarang adalah penyelenggara teknis pendidikan diploma tiga farmasi yang dipimpin seorang Ketua Jurusan. Untuk periode pertama tahun 2001 sampai dengan 2006 Ketua Jurusan adalah Drs. Jumain, MKes, Apt, kemudian dilanjutkan dengan kepemimpinan Ketua Jurusan Farmasi yang kedua adalah Muhammad Saud, SH, S.Farm, M.Kes, tahun 2006 sampai dengan 2010, kemudian dilanjutkan dengan ketua jurusan periode ketiga adalah Drs. Rusli, Sp.FRS, Apt, dan pada periode keempat Drs. Rusli, Sp.FRS, Apt terkembali menjadi ketua jurusan. Ketua Jurusan sesuai aturan yang terrtuang dalam orgnisasi tata laksana dipilih oleh kelompok dosen dalam kurun waktu 4 tahun masa bakti. Sesuai struktur organisasi yang dikeluarkan oleh Badan PPSDM Depkes, Jurusan Farmasi pada tahun 2007 telah membentuk program studi yaitu program studi D III Farmasi.